De acuerdo con los datos que aparecen en las distintas historietas, Corto Maltés nació en La Valetta (Malta) el 10 de julio de 1887. Su madre era una gitana conocida como la Niña de Gibraltar, sevillana de nacimiento, y su padre un marinero de Cornualles (Inglaterra). Debido a esto último, Corto es súbdito británico, con residencia oficial en La Antigua (Barbados).
Corto pasó su infancia en Córdoba, donde fue iniciado en el estudio de la Cábala y el Talmud por un rabino llamado Ezra Toledano. Un día, una gitana amiga de su madre quiso leerle la mano y descubrió que no tenía línea de la fortuna. Corto, entonces, se grabó una a su gusto con la navaja de afeitar de su padre, aunque no le gusta que nadie la vea.
Su primer viaje lo hizo a Egipto, y en 1900, con 13 años, estuvo en Manchuria. Era el tiempo de la rebelión de los bóxers y Corto protagonizó una hazaña bélica, destruyendo un cañón. Cuatro años más tarde aparece en medio de la guerra ruso-japonesa, donde conoce a un joven escritor llamado Jack London. Éste le presenta a otro personaje que en lo sucesivo se encontrará con Corto en numerosas ocasiones: un desertor ruso llamado Rasputín. Rasputín es el alter ego de Corto: homicida, egoísta, neurótico y ambicioso. Mantienen una extraña relación y compartirán muchas aventuras. Ambos deciden ir a buscar en Sudáfrica las minas del rey Salomón, pero la tripulación de su barco se amotina y les abandona en el mar, donde son recogidos por un carguero que se dirige a Argentina. En este país Corto conoce a los bandidos Butch Cassidy y Sundance Kid (véase Dos hombres y un destino).
Entre 1908 y 1913 Corto viaja por varios lugares. En Italia conoce a un joven georgiano apellidado Zhugashvili: el mismo que más adelante dirigirá la URSS con el nombre de Stalin. En Argentina vuelve a ver a Jack London. Viaja también a las Antillas, la India, China, Nueva Orleans... Durante este tiempo, en 1910 concretamente, trabaja como segundo oficial a bordo del Bostonian, un barco que hace el trayecto Boston-Nueva York. Sin embargo, cae en desgracia por defender a un grumete, John Reed, acusado de provocar la muerte de otro grumete. Corto debe dejar ese trabajo y se dedica a la piratería.
Entra a formar parte de una organización dirigida por un misterioso personaje llamado El Monje. El 13 de octubre de 1913 la tripulación de su barco se amotina para robarle la mercancía y le deja atado a una balsa, a la deriva (es en este preciso punto en el que empieza la primera aventura publicada de Corto Maltés, La balada del mar salado). Es rescatado por un barco cuyo capitán es Rasputín, que también trabaja a las órdenes de El Monje. En esta aventura Corto conoce a algunos personajes con los que luego irá coincidiendo, como Pandora Groovesmore y su primo Caín, dos adolescentes sobrinos de El Monje. Pandora será siempre el amor platónico de Corto.
En 1916 Corto está en Brasil, tras haberse separado de Rasputín en Panamá. Se dirige a la desembocadura del Amazonas, donde conoce a una bruja centenaria, Boca Dorada, que afirma haber conocido a su madre, su abuela y su bisabuelo. Es frecuente que Corto encuentre personajes que parecen saber de él más que él mismo: la magia está presente en muchas historietas, aunque Corto mantiene siempre una actitud de escepticismo irónico frente a la misma. En esa ocasión participa en un combate de los cangaceiros (bandoleros y revolucionarios) contra un dictatorial coronel del ejército brasileño, y les ayuda también a vencer a un destacamento de alemanes que están en la zona buscando carbón para alimentar sus barcos de guerra. La situación política mundial está presente incluso en un rincón tan apartado: es la época de la Gran Guerra y Corto no deja de ser un súbdito británico. De hecho, tras numerosas vicisitudes por Latinoamérica lo encontramos al año siguiente metido en plena guerra en Italia, donde con un grupo de desertores de los ejércitos en lucha busca el tesoro escondido del rey de Montenegro. Después parte hacia Irlanda, donde se ve involucrado en las acciones del IRA contra el ejército inglés.
De Irlanda a Francia, y de Francia a Somalia y Etiopía, donde conoce al guerrero dankalo Cush, con el que también volverá a encontrarse más tarde. Después se establecerá durante un tiempo en Hong Kong. De ahí arranca otra aventura: junto con el reencontrado Rasputín, y a las órdenes de una organización llamada Linternas Rojas, se dirigen a Siberia para intentar robar las joyas de la familia real rusa, que viajan en un tren blindado. Es la época de la guerra civil que siguió a la revolución rusa. Regresa a Hong Kong tras un largo periplo.
En abril de 1920 Corto está en Venecia buscando la clavícula del Rey Salomón. Se ve envuelto en las trifulcas entre masones y los pistoleros de una incipiente Italia fascista. Al abandonar Italia se entera de que Rasputín es prisionero de los turcos otomanos en Samarcanda, y se dirige allá a liberarlo. En esta aventura cae también prisionero del Ejército Rojo, pero una llamada de su incrédulo comandante a Stalin (entonces comisario de las Nacionalidades y antiguo conocido de Corto) logra salvarle la vida.
Vuelve a Argentina en junio de 1923, donde se encuentra con viejos conocidos. El año siguiente pasa por Suiza, donde ocurre otro tanto y conoce además a Hermann Hesse. La aventura suiza es interior, pues es inducida por un brebaje mágico o alucinógeno llamado "filtro de Paracelso". Corto sale rejuvenecido de ese viaje a su propia mente.
Tras el paso por Suiza se sumerge con Rasputín en las profundidades del Océano Pacífico para buscar el continente perdido de Mu y descubrir el origen de la humanidad. Esta aventura transcurrida en 1925 será la última publicada de Corto.
Sin embargo, algo se sabe de lo que pasó después: según narra su amigo Cush en Los escorpiones del desierto, obra que no pertenece a la serie de Corto y cuya acción se sitúa en 1941, en 1936 Corto se alistó en las Brigadas Internacionales para luchar por la República en la guerra civil española, y allí desapareció.
