Bajo el nombre genérico de microbios se incluyen diversos tipos de organismos que a la hora de clasificar se incluyen en reinos distintos. El término es muy amplio y los límites de la definición han quedado hay ampliamente separados gracias a los modernos medios de investigación. Las limitaciones de los microscopio ópticos y de los metodos de análisis de laboratorio del pasado obligaban a designar así a todos aquellos organismos que por sus dimensiones escapaban a un estudio detallado de sus aspectos anatómicos fisiológicos y bioquímicos.
No obstante a nivel genérico y practico en lo que respecta a la salud humana, todos se estudian de modo conjunto. Pero se incluyen aquí también muchos otros que tienen igualmente una gran importancia para nuestra especie, como son los que producen antibióticos, los que permiten hornear pan, los que transforman la leche en la gran variedad de quesos que conocemos o lo que hacen que el zumo de uva se vuelva vino.A mediados del siglo XIX hubo un debate en el seno de la comunidad científica, cuyo resultado sentaría las bases del actual paradigma médico sobre la causa y la prevención de enfermedades. Los principales participantes del debate fueron Louis Pasteur y Claude Bernard. Pasteur (1822-1895) creía que la enfermedad venía de microorganismos preexistentes que invadían el cuerpo humano. También creía que las bacterias normalmente no se encuentran en el interior del organismo. Según él, los tejidos de animales normales y saludables debían ser totalmente estériles bacteriológicamente. Él argumentaba que las bacterias provocaban la descomposición o putrefacción de las células, causando de este modo una enfermedad.El concepto de microorganismo carece de cualquier implicación taxonómica o filogenética dado que engloba organismos unicelulares no relacionados entre sí, tanto procariotas como las bacterias, como eucariotas como los protozoos, una parte de las algas y los hongos, e incluso entidades biológicas de tamaño ultramicroscópico, como los virus.
Los microbios tienen múltiples formas y tamaños. Si un virus tuviera el tamaño de una pelota de tenis, una bacteria sería del tamaño de media cancha de tenis y una célula eucariota sería como un estadio entero de fútbol.
Muchos microorganismos son patógenos y causan enfermedades a personas, animales y plantas, algunas de las cuales han sido un azote para la humanidad desde tiempos inmemoriales. No obstante, la inmensa mayoría de los microbios no son en absoluto perjudiciales y bastantes juegan un papel clave en la biosfera al descomponer la materia orgánica, mineralizarla y hacerla de nuevo asequible a los productores, cerrando el ciclo de la materia.
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